Karl Gabriel Thiodolf Rein on kuvannut elämänsä vaiheita teoksessaan Muistelmia elämän varrelta (1918), joka ilmestyi vuotta ennen hänen kuolemaansa 81-vuotiaana 1919. Reinin syntymän aikoihin 1838 Helsinki oli vielä vähäpätöinen 16 000 asukkaan kaupunki, joka kuitenkin pää- ja yliopistokaupungiksi korotettuna oli nopeasti kasvamassa. Reinin sukuun, joka oli peräisin Isonkyrön Reinilän talosta, kuului pappeja monessa polvessa, mutta hänen isänsä Gabriel Rein oli Helsingissä historian professori vuodesta 1834 ja myöhemmin myös yliopiston rehtori.

Thiodolf Rein suoritti ylioppilastutkinnon syksyllä 1853 ja kirjoittautui historiallis-kielitieteelliseen "ylioppilastiedekuntaan" vasta 15-vuotiaana. Seuraavana vuonna yliopiston professoreiksi nimitettiin Elias Lönnrot ja Zachris Topelius. Vuotta myöhemmin keisari Nikolai kuoli, nuori Rein matkusti Kerimäelle "rahvaan keskuuteen" oppimaan suomen kieltä. Seuraavana vuonna 1856 J. V. Snellman nimitettiin - Gabriel Reinin aloitteen pohjalta - "siveysopin ja tieteiden järjestelmän professoriksi". Snellmanista tulikin nopeasti Thiodolf Reinin ihailtu opettaja niin "Hegelin logiikan sokkeloissa" kuin kansallisuutta ja valtion asemaa koskevissa kysymyksissä. Filosofian kandidaatin tutkinto valmistui 1860. Samaan aikaan Rein omaksui vapaamielisen, kielisortoa vastustavan kannan kielikysymykseen, koska hänen mielestään "kieli ei ole mikään oikeussubjekti", ja liittyi isänsä seuraajan Yrjö Koskisen johtamaan nuorsuomalaisten ryhmään. Hän tunsi Aleksis Kiven ja auttoi onnetonta kirjailijaa merkitsemällä hänelle takaussitoumuksia ja välittämällä hänelle rahalainoja Fredrik Cygneukselta.

Snellmanin erottua filosofian professorin virastaan 1863 Thiodolf Rein - palauttuaan Berliinin ja Pariisin matkoiltaan - kirjoitti lisensiaatinväitöskirjan Om kunskapens möjlighet (1867) ja tohtorinväitöskirjan Om den filosofiska methoden i sitt förhållande till öfriga vetenskapliga methoder. Hegelin henkeen kirjoitetuissa töissään Rein viittasi varovaisesti myös kokemustieteen menetelmiin. Viranhaussa kilpahakijana hänellä oli virkaa jo hoitanut Wilhelm Bolin, Feuerbachiin ja hänen materialismiinsa tutustunut ajattelija, jonka tutkielma determinismistä ja tahdon vapaudesta oli herättänyt kauhistelua ja hämmennystä yliopistolla. Rein, joka turvallisemmin jatkoi snellmanilaista linjaa, valittiin filosofian professorin virkaan keväällä 1869. Bolin, joka kirjeessä valitti katkerasti Feuerbachille, että professuurin sai "hegeliläinen märehtijä", toimi sittemmin neljä vuosikymmentä Helsingin yliopiston kirjastonhoitajana, eikä enää vaikuttanut Suomen filosofian kehitykseen. Rein puolestaan osallistui yliopistovirkansa ohella vuodesta 1872 aina vuoteen 1906 saakka aatelissäädyn jäsenenä valtiopäiville, joiden yhteydessä hän puolusti vapaamielistä uudistuspolitiikkaa.

1870-luvulla Rein tutustui Hermann Lotzen filosofiaan, joka yhdisti idealistiseen järjestelmäänsä kokemusperäisen tieteen aineksia mm. Darwinin kehitysopista. Käsityksiään hän kehitteli teoksessa Försök till en framställning af psykologin, jonka 1. osa ilmestyi 1876 ja 2. osa 1891. Rein ryhtyi luennoimaan filosofiaa suomeksi 1880-luvulla ja julkaisi puoli vuosisataa ahkerassa käytössä olleet johdatukset Muodollisen logiikan oppikirja (1882, 5. p. 1933) ja Sielutieteen oppikirja (1884, 5. p. 1934). Pian tämän jälkeen Rein joutui yliopistossa vastuunalaisiin hallintotehtäviin, vararehtorina 1884-87, rehtorina 1887-96, sijaiskanslerina 1986-1903 ja 1906-10. Valtioneuvoksen arvon Rein sai 1899. Professorin virastaan hän erosi 1900. Seuraajaksi tuli 1905 hänen sisarenpoikansa Arvi Grontenfelt, mutta jo seuraavana vuonna oppituoli jaettiin teoreettiseen filosofiaan (Grotenfelt) ja käytännölliseen filosofiaan (Edvard Westermarck).

Reinin myöhemmästä tuotannosta merkittävimpiä saavutuksia ovat vuosina 1895-1901 ilmestynyt J. V. Snellmanin elämä ja uraauurtava historiallinen katsaus Suomen varhaiseen filosofiaan 1600- ja 1700-luvuilla Filosofins studium vid Åbo universitet (1908). 
Filosofinen yhdistys pysyvin aikaansaannos
Reinin elämäntyön ehkä pysyvin, yhä jatkuva aikaansaannos on Filosofinen yhdistys, jonka hän mainitsee muistelmissaan 1918 vain ohimennen:

"Filosofian professorin virka tuotti minulle tietysti edesvastuullisia velvollisuuksia, joita koetin kykyni mukaan täyttää. Pidin julkisia luennoita erilaisista filosofisista oppiaineista, mutta ajoittain myöskin yksityisiä kursseja kotonani pienemmälle oppilasmäärälle. Sitäpaitsi perustin 'Filosofisen yhdistyksen', joka piti ensimmäisen kokouksensa lokakuun 18 p:nä 1873; olin sitten monta vuotta sen puheenjohtajana, ja se on elossa yhä vieläkin. Yhdistyksen kokouksiin on ottanut osaa sekä opettajia että ylioppilaita, vieläpä toisinaan yliopistoon kuulumattomia henkilöitä, ja rohkenen uskoa, että ne monenmoisia tärkeitä kysymyksiä koskeneet ajatuksenvaihdot, joita niissä on tapahtunut, ovat osaltansa edistäneet ajattelun heräämistä ja käsitteiden selviämistä läsnäolijoissa, ennen kaikkea yliopistonuorisoon kuuluvissa."

Kaksikielisen Filosofisen yhdistyksen kokousten 1873-1925 keskustelupöytäkirjat, joita vuoden 1877 jälkeen pidettiin pääasiassa suomeksi, on julkaistu teoksessa Ajatuksen laboratorio (Toim. Juha Manninen ja Ilkka Niiniluoto, 1996). Kuten Manninen kirjassa osuvasti toteaa, yhdistys toimi tavallaan professorin seminaarina, johon opiskelijat kirjoittautuivat jäseniksi lukuvuoden alussa. Toiminnan vakiintuessa yhdistyksestä tuli kansallinen instituutio, jossa käytiin tärkeitä filosofisia väittelyjä (mm. Reinin ja Westermarckin kiista psykofyysisestä ongelmasta) sekä nostettiin esiin merkittäviä yhteiskunnallisia kysymyksiä (mm. suomen kielen asema, naiskysymys, rakkaus, demokratia, sosialismi, rauhanaate).

Vaikka Rein oli itse monissa kysymyksissä melko konservatiivinen idealistisen filosofian kannattaja, hän rohkaisi vapaata mielipiteiden vaihtoa muodossa, jota nykyisin voisi kutsua "osallistuvaksi filosofiaksi". Aikalaistodistuksen tästä on antanut Edvard Westermarck, jonka mukaan Rein rakasti käydä "kaksintaisteluja", nöyrän totuudenetsinnän leikkisiä kisailuja, joissa puheenjohtaja odotti nuoremmiltaan vastarintaa: "jollei sitä tullut, saattoi käydä niin, että hän ryhtyi itse jälleen puhumaan ja selitti, miten asia voidaan nähdä myös toiselta puolelta". Suomen ensimmäinen naismaisteri Emma Irene Åström kertoo muistelmissaan, että hänen elämänsä "suurin onni" on ollut tuntea sellaisia ihailua herättäviä opettajia kuin professori Rein. Rein luopui Filosofisen yhdistyksen puheenjohtajan tehtävistä 1900, mutta osallistui toimintaan elämänsä loppuun saakka. 1925 jo puoli vuosisataa toiminut seura, jota johti Arvi Grotenfelt, rekisteröitiin nimellä Filosofinen Yhdistys-Filosofiska Föreningen. Seuraavana vuonna aloitettiin yhdistyksen vuosikirjan Ajatus julkaiseminen pääosin suomen kielellä, jolloin myös luovuttiin keskustelupöytäkirjojen pitämisestä. 1935 aloitettiin vieraskielinen monografiasarja Acta Philosophica Fennica. Seuraavana vuonna puheenjohtajaksi tuli Eino Kaila, jota ovat seuranneet Oiva Ketonen, G. H. von Wright, Lauri Routila ja Ilkka Niiniluoto. Vuonna 1961 seuran nimi vakiintui muotoon Suomen Filosofinen Yhdistys.

Kirjoittaja on Helsingin yliopiston teoreettisen filosofian professori ja Suomen Filosofisen Yhdistyksen puheenjohtaja.